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生物資訊

The Scientist:F1000基因組學和遺傳學七大新聞(2011.9.15)

作者:towersimper編譯 來源:生物谷Bioon.com 發布時間: 2011-12-05 09:25  瀏覽次數:
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HIV從細胞膜出芽生長,圖片來自維基共享資源

 

1. RNA熒光標記
一種用來標記和追蹤活細胞中RNA過程的新技術,有望像綠色熒光蛋白(GFP)開啟蛋白質研究那樣打開RNA生物學研究。這種標記方法由結合到GFP類似熒光素的短RNA序列組成,能夠產生很多顏色的熒光。這些RNA-熒光素復合物然后能夠融合到細胞中的RNA分子。
J.S. Paige et al., “RNA mimics of green fluorescent protein,” Science, 333:642-46, 2011.

2. 意外發現新的分子伴侶Spy
研究人員在測試基因工程菌大腸桿菌在體內使得不穩定的蛋白質穩定化的能力的過程中,偶然間發現一種新的蛋白分子伴侶Spy,而且該分子伴侶能夠抑制蛋白聚集并輔助蛋白重折疊。Spy的塑造不同于其他任何以前研究過的分子伴侶,它能夠多達700倍地增加一組不穩定的蛋白突變體的穩態水平。
S. Quan, et al., “Genetic selection designed to stabilize proteins uncovers a chaperone called Spy,”Nat Struct Mol Biol, 18:262-69, 2011.

3. 全局基因表達
采用一種稱作平行代謝脈沖標記(parallel metabolic pulse labeling)的技術,研究人員測量了5000多個哺乳動物基因的mRNA和蛋白豐度及其周轉速度,因而也是迄今為止第一次在基因組范圍內預測mRNA和蛋白質的合成速率。這些結果表明細胞中的蛋白質豐度主要是在轉錄水平進行調控的。
B. Schwanhäusser et al., “Global quantification of mammalian gene expression control,”
Nature, 473:337-42, 2011.

4. DNA為何斷裂
染色體不穩定性---基因組中某些位點在復制壓力下傾向于發生斷裂---能夠導致腫瘤發生。以前的研究表明這種常見的脆弱位點傾向于產生斷裂,因為在復制期間產生的二級結構阻止復制叉形成。相反,這篇研究表明至少一個位點FRA3B甚至在很少有復制事件啟動的時候也是不穩定的,這就意味著肯定存在另一種機制導致這個位點的脆弱性。
A. Letessier et al., “
Cell-type specific replication initiation programs set fragility of the FRA3B fragile site,” Nature, 470:120-23, 2011.

5. 奇特的大西洋鱈免疫機能
大西洋鱈(Atlantic cod)全部基因組序列揭示這種魚已丟失兩種在免疫性能上發揮關鍵作用的MHCII和CD4基因。明顯是作為補償,這種鱈基因組顯示MHCI基因座位得到極大地擴增,含有獨特的一套Toll樣受體---免疫系統中另一種重要的組分。
B. Star et al., “The genome sequence of Atlantic cod reveals a unique immune system,” Nature, 477:207-10, 2011.

6. 逃避自然殺傷細胞導致的死亡
就像T細胞能夠給HIV施加壓力讓它適應逃避識別,現在自然殺傷細胞似乎也能驅使HIV進化。研究人員在HIV-1毒株中鑒定出多態性,以便阻止特異性自然殺傷細胞免疫球蛋白樣受體(killer immunoglobulin-like receptor, KIR)激活該殺傷細胞。
G. Alter et al., “HIV-1 adaptation to NK-cell-mediated immune pressure,” Nature, 476:96-100, 2011.

7. 細胞年輕的分子源泉?
復雜性有機體的細胞有能力從根本上復位它們的年齡,是通過細胞分裂成配子(gamete)的方式進行的,而且這些配子會相互結合產生新的有機體。如今,研究人員已確定至少一種分子組分---酵母NDT80基因---使得這種能力成為可能。在沒有正在進行配子發生的
酵母細胞中短暫表達NDT80基因也能夠使得它們的壽命復位。
E. Unal et al., “Gametogenesis eliminates age-induced cellular damage and resets life span in yeast,”Science, 332:1554-47, 2011.

F1000基因組學和遺傳學七大新聞 (Top 7)是為期30天的F1000基因組學和遺傳學領域成員們于2011年9月15日計算出來的基因組學和遺傳學及其相關領域方面的評級最高的論文的簡要總結。F1000成員們在他們的研究領域對最重要的論文作出評價并評級。如果想要去看看最新的評級情況,可以搜索數據庫,閱讀每天的評價結果,具體情況訪問http://f1000.com。(生物谷Bioon.com:towersimper編譯)

本文譯自Sabrina Richards, The Scientist, "Top 7 in Genomics & Genetics", September 19, 2011。

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