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柯薩奇病毒(Coxsackie viruses簡稱Cox.病毒)是1948年Dalldorf等采用新生小鼠研究脊髓灰質炎病毒時，在紐約附近的Coxsackie分離發現的一種腸道病毒，屬小RNA病毒科，可分為A、B二組.A組有23型(A1-22，24)，B組有6型(B1-6)，與A組的A9型有共同的組特異性抗原.Cox病毒可引起許多不同的臨床癥侯，甚至同一病毒可以引起不同的疾病(表1)，近年通過PCR技術證明，除可導致腦炎、腦膜炎外，是心肌炎、心包炎的重要病原，其持續感染可能與特發性擴張型心肌病密切相關.本文簡述PCR技術在Cox病毒檢測中的應用. 一、Cox病毒基因與PCR引物設計 Cox病毒為腸道病毒屬，其基因結構具有小RNA病毒科的共同特征(如圖所示)，可分為衣殼蛋白基因區，無性繁殖功能區和非編碼區，其5'-末端即位于衣殼蛋白基因外的堿基序列同其他小RNA病毒具有較高的交叉性. 病毒感染引起的主要臨床癥侯
目前，根據Cox病毒基因的序列研究結果，人們選擇高度保守的編碼區和5'非編碼區(如nts461-640)，已設計了多對引物，用于Cox病毒A組和B組的擴增及特異性擴增CoxB3病毒.但由于Cox病毒與其小RNA病毒基因之間有高度的同源性(70-90%，位于VP1基因)，目前設計的引物除CoxB3病毒特異性引物外，其余的引物均可用于擴增CoxA組和B組病毒，并同脊髓灰質炎病毒有較高的交叉反應. Cox病毒PCR擴增所用引物及探針
二、標本的采集和處理 按常規方法收集鼻咽分泌物、糞便、心肌活檢材料及腦脊髓液等標本后，應在0-4℃條件下立即送實驗室，分裝保存于-20℃或提取模板.由于體液和組織中RNase含量較高，影響制備病毒RNA，故在制備RNA前應按100Ul標本中加40U的RNase酶抑制RNasin. 三、模板RNA制備 1.酸性異硫氰酸胍-酚-氯仿法:適用于從心肌等活檢標本或細胞培養標本.①先將標本(1.5mm3)或1×107細胞研磨勻漿，加入1ml裂解液(4mol/L異硫氰酸胍-25mmol/L檸檬酸鈉PH7.0，50mmol/L2-硫基乙醇，0.5%Sarkosyl)，混合后冰浴中作用15min.②分別加入1/10體積的2mol/L NaAc(PH4.0)，等體積飽和酚，2/10體積的氯仿，混合作用15S.③15000r/min離心15min，收集水相，加入等體積的異丙醇，1-20℃2h，再次離心，用75%乙醇洗一次，收集RNA沉淀. 2.酚-氯仿抽提法:適用于從體液標本中制備RNA.①取體液標本100 Ul于反應管中加入2%，使終濃度為0.5%，再與等體積的酚:氯仿(1∶1)混交，15000g離心15min，收集上層水相.②再向原反應管的有機中加入含0.5%SDS的TNE溶液(10mmol/L Tris-HCL PH7.5，100mmol/L NaCl，1mmol/L EDTA)，提取一次，同上離心，收集水相.③將兩次收集的水相合并，加入NH4AC溶液，使以濃度為2mol/L，加2.5倍體積的冷無水乙醇，-20℃置2h以上，15000g離心(4℃)30min，棄上清，收集沉淀，用20UlTE(PH7.5)稀釋(含40U的RNasin). 四、逆轉錄 取5Ul RNA提取模板加入20Ul反應混合液(含50mmol/L Tris-HCl PH8.4，6mmol/LMgcl2，10mmol/L DTT，50mmol/L NaCl，250mmol/L的dATP，dCTP、dGTP、dTTP，1umol/L下游引物P2)及40U AMV逆轉錄酶;再加25-50Ul礦物油封頂后于42℃反應1h，使RNA逆轉錄為cDNA. 五、PCR擴增 ①取上述逆轉錄后的反應混合物20Ul，加PCR反應液至100Ul反應體積.PCR反應液含有終濃度為50mmol/L KCl，10mmol/L Tris-HCl PH8.4，1mmol/L MgCl2，100Ug明膠，引物1和引物各1U mol/L及四種dNTP各200U mol/L. ②混勻后，94℃水溶5min，冷至55℃. ③加入2.5U Taq聚合酶，振蕩搖勻，用100 ul礦物油封頂. ④94℃變性2min，55℃退火2min，72℃延伸2min，重復35個循環.最后于72℃延伸10min. ⑤為提高某些標本檢測的敏感性，可取第一次擴增產物1Ul，作模板，加入PCR試劑進行第二次擴增(20-25個循環). 六、擴增產物的檢測 (一)電泳法:取10Ul的PCR產物于1%或2%瓊脂糖凝膠上電泳，以EB染色顯示PCR產物，如出現與目的片段大小相同的擴增產物，則判為陽性. (二)雜交法: 1.將PCR產物與等體積的0.6mol/L NaOH混合，室溫作用15min后，轉移到尼龍膜上. 2.用100Ul 2mol/L，NH4AC溶液中和后，將濾膜置真空爐中烘烤2h. 3.將膜置于5XSSC-1%SDS-0.5%BSA的緩沖液作預雜交. 4.再于含50U l0.4Umol/L堿性磷酸酶標記探針的預雜交液中，45℃，15min. 5.用1%SDS-1×SSC液及1%TritonX-100液100ml，先后各洗2次，再用1×SSC洗1次. 6.將濾膜浸入7.5ml堿性磷酸酶混合物中室溫顯色3-4h，然后雙蒸水洗滌，終止反應. 七、應用和發展 目前，應用上述引物，可進行Cox病毒感染的診斷，特別是用CoxB3病毒的特異引物，擴增病人心肌活檢標本中該病毒的核酸，具有很高的敏感性和特異性，同其他Cox病毒及小RNA病毒無交叉反應，并證明CoxB3是心肌炎的重要病原，同原發性擴張型心肌病密切相關，故隨著此技術的深入應用，將有助于揭示上述心臟病的真正病因.當然，目前PCR引物的設計還需進一步解決Cox病毒A組、B組特異性引物及型特異性引物問題，這樣才能進一步用于臨床診斷及分子流行病學的研究，同時也有助于了解Cox病毒變異的規律，為研制預防用的疫苗奠定基礎.
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