土壤DNA提取試劑盒
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Mpbio與Mo Bio土壤基因組DNA提取試劑盒產(chǎn)品比較
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產(chǎn)品描述
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FASTDNA®SPIN KIT FOR SOIL（品牌：Mpbio，Cat#：6560200，以下簡寫FastDNA®）
UltraClean®Soil DNA Isolation Kit（品牌：Mo Bio，Cat#：12800，以下簡寫UltraClean®）
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Qustion 1：
試劑盒的工作原理
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Response 1：兩個試劑盒都是由兩部分組成，一部分是樣品處理階段，重在細(xì)胞裂解效果；第二部分就是DNA純化，重在純化和回收效率。試劑盒內(nèi)的組成成分目的和功能差不多相同，但在處理效果上會差異。
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FastDNA®：
Lysing Matrix E tube（含裂解基質(zhì)裂解細(xì)胞）
Sodium Phosphate Buffer，MT Buffer（防核酸降解，溶解核酸和蛋白。確保DNA盡量免受RNA污染）
PPS Solution（蛋白沉淀溶液，去除蛋白污染）
Binding Matrix（DNA結(jié)合溶液，促進DNA與硅膠結(jié)合）
SPIN Modules，Catch Tubes基于硅石的Geneclean離心純化柱，確保DNA的快速洗脫、高純度）
Concentrated SEWS-M（溶解和清洗DNA）
DES（無DNase、熱原質(zhì)水，確保DNA無降解及無外來熱原質(zhì)污染）
BBS Gel Loading Dye（基因組DNA上樣緩沖液）
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UltraClean®：
Bead Solution Tubes（含裂解基質(zhì)裂解細(xì)胞）
Solution S1（含SDS，輔助分解膜上的脂肪酸和脂質(zhì)）
IRS Solution（用于沉淀腐植酸和其他PCR抑制因子）
Solution S2（含蛋白沉淀試劑，去除蛋白污染）
Solution S3（DNA結(jié)合鹽溶液）
Solution S4（清洗DNA，除鹽、腐植酸或其他殘留污物）
Solution S5（溶解DNA并促離心洗脫）
Spin Filter Units in 2 ml Tubes，2 ml Collection Tubes
（基于硅膜的離心純化柱）
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Qustion 2：
可處理樣本？
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Response 2：兩個試劑盒的應(yīng)用范圍都很廣，可用于各種土樣或糞便中的基因組DNA提取。但FastDNA®相對更廣，它已經(jīng)成功應(yīng)用于海底沉積物、廢水、雪水等環(huán)境樣品中基因組DNA的提取。
可見參考文獻：
Snow sample —Takahiro Segawa et al. (2005). Appl. Envir. Microbiol., Vol 71: 123 - 130.
Sediment —Tracy J. Mincer et al. (2005). Appl. Envir. Microbiol., Vol 71: 7019 - 7028.
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Qustion 3：
細(xì)胞裂解方式及配合使用儀器？
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Response 3：兩個試劑盒裂解細(xì)胞的方式有所差異，這很大程度影響了基因組DNA提取量及片段的完整性。
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FastDNA®：
（1）裂解介質(zhì)是含3種尺寸的顆粒：1.4 mm陶瓷，0.1 mm的硅顆粒，4 mm的玻璃珠混合物，可控的基質(zhì)顆粒尺寸和數(shù)量，保證實驗的可重復(fù)性；且不同尺寸保證樣品的充分接觸及受力；
（2）配合FastPrep instrument（Mpbio專有儀器）使用，“8字型”運動方式使得樣品40 s內(nèi)即可得到充分裂解；更換適配器，可同時處理1—96個樣品。
（3）配合漩渦混勻器或震蕩儀，借助于振動和渦旋式?jīng)_擊的混合力裂解細(xì)胞，一般作用2～5 min可充分裂解；可同時處理多個樣品。處理方式相對FastPrep儀器溫和，DNA的完整性相對高些。
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UltraClean®：
（1）裂解基質(zhì)是單一玻璃珠；
（2）配合漩渦混勻器使用，借助于渦旋式?jīng)_擊和振動裂解細(xì)胞，處理方式相對溫和。更換特定的適配器，可同時處理1-96個樣品。樣品一般要處理10min左右，相對輕柔的作用力，可得到較大分子量的DNA，但裂解效果相對差于FastDNA®。
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Qustion 4：
DNA提取含量及完整性？
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Response 4：FastDNA®提取的基因組DNA效率高于UltraClean®，一般同一樣品濃度高3-5倍左右；
參考文獻：fecal specimens —Merlin W Ariefdjohanet al. (2010).Nutrition Journal., Vol 9: 23
Sediment —Gordon Webster et al. (2003). Journal of Microbiological Methods 55:155-164.
FastDNA®配合FastPrep儀器使用DNA的完整性會相對差于UltraClean®。前者的DNA片段為4-20kb，后者的DNA片段最高達50kb。若不與FastPrep儀器配合使用，DNA的完整性會明顯得到提高，DNA提取率仍高于UltraClean®。
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Qustion 5：
是否適合高腐殖質(zhì)樣品的處理？
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Response 5：兩個試劑盒都有針對高腐殖土樣的特殊處理試劑，從而確保基因組DNA提取不受困擾。（因為腐殖質(zhì)是土樣中普遍存在的成分，也是干擾DNA和RNA提起的重要因素之一）。
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FastDNA®針對高腐殖質(zhì)的土樣會提供一個特殊的protocol。只需多配制5.5M硫氰酸胍溶液即可保證DNA的高提取效率。
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UltraClean®含有IRS Solution（Mobio技術(shù)）用來沉淀腐殖酸和一些PCR干擾因子。
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Qustion 6：
DNA的純化方式和純度如何？
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Response 6：兩個試劑盒的純化機制比較類似，都是基于硅膜的離心純化柱純化方式，此純化方式可以有效去除部分腐植酸、鹽和一些殘留污染物，得到的DNA都有較高的純度。
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Qustion7：
樣品起始量及整個工作時間？
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Response 7：
FastDNA®一般只需500mg的樣品即可達到需要的DNA；
整個提取過程≤30 min
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Response 7：
UltraClean®樣品的起始量為0.25-1.0 gram；
整個提取過程≤30 min
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