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目前已確定黃曲霉毒素結構的有AFB1、AFB2、AFM1等18種，它們的基本結構中都含有二呋喃環和氧雜萘鄰酮（又名香豆素），前者為其毒性結構，后者可能與其致癌有關。目前發現的18種黃曲霉菌毒素中，AFB1毒性最強，AFM1、AFG1次之，AFB2、AFG2、AFM2毒性較弱。為避免黃曲霉毒素對人、畜的傷害，飼料被霉菌和霉菌毒素污染后，應設法將其破壞和去除。其方法為：
1. 剔除霉爛法。黃曲霉毒素污染的谷物分布很不均勻，大部分是在被損，蟲蛀，變色的顆粒上，如果剔除這些，將減低其毒素水平。通過視覺和嗅覺觀察飼料和谷物，判斷污染與否，污染嚴重者將其剔除。反芻動物的青貯料飼喂時應仔細檢查，發現有霉變，應剔除。
2. 輻射法。紫外線或γ-射線可有效地殺死霉菌和破壞黃曲霉毒素的化學結構，以達到去毒的目的。
3. 水洗法。黃曲霉毒素不溶于水并且對熱穩定，黃曲霉毒素在玉米等農作物中分布很不均勻，在表皮胚部存在的黃曲霉毒素總量可達80%以上，水洗法就是利用玉米等胚部和乳胚部在水中比重差異，將碾粹后浮在水面上的胚部或表皮除去而達到去除大部分毒素的目的。
4.化學藥物去毒法。一些化學制劑如次氯酸、次氯酸鈉、過氧化氫、氨、氫氧化鈉處理等對去除AF都有一定效果。
5. 生物脫毒法。該法篩選某些微生物，利用其生物轉化作用，使霉菌毒素破壞或轉變為低毒物質。已經報道的微生物有無根根酶、米根酶、黑曲霉、枯草桿菌等對去除黃曲霉毒素有較好的效果。
6. 添加維生素C。維生素C可阻斷黃曲霉毒素B1的環氧化作用從而阻止其氧化為活性形式的毒性物質。在日糧中添加一定量的維生素C，再加上適當水平的氨基酸，是克服黃曲霉毒素中毒的有效方法
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